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El EAAF tiene una oficina permanente en Pretoria y trabaja en Sudáfrica desde 1995 brindando asistencia forense en la investigación de desapariciones ocurridas durante el Apartheid. Además dicta desde 2012 la “Escuela africana para la acción forense humanitaria”-
A solicitud de la Comisión para la Verdad y la Reconciliación (CVR), organismos de familiares y la National Prosecution Authority (NPA), desde el año 1995 el EAAF ha estado trabajando en este país en la investigación de casos de personas desaparecidas durante el Apartheid, como así también brindando capacitación a especialistas locales.
A partir de 2002 el EAAF ha capacitado y brindado soporte al Equipo de Trabajo de Personas Desaparecidas dependiente de la Autoridad Fiscal Nacional.
Como la Comisión para la Verdad y la Reconciliación recomendó al gobierno continuar tratando de rastrear lo que sucedió con las personas que desaparecieron entre 1960 y 1994 esta tarea recayó en el Equipo de Trabajo de Personas Desaparecidas. Es una unidad que realiza tanto investigación como trabajo forense de búsqueda y recuperación de restos humanos.
Desde el 2012, el EAAF ha organizado anualmente la “Escuela africana para la acción forense humanitaria”. En conjunto con la Universidad de Pretoria, y en cooperación con el Comité Internacional de la Cruz Roja (CICR) y el gobierno argentino a través de la Cancillería y la Embajada en Sudáfrica, la escuela se convirtió en un recurso permanente para proveer entrenamiento a los forenses del continente. Sus objetivos y contenidos son abordados desde la perspectiva jurídica y forense propia de países africanos, fuertemente enfocados en las investigaciones de casos de violaciones a los derechos humanos. La escuela tiene un enfoque interdisciplinario, con módulos de práctica y otros teóricos. Hoy la Escuela Africana del EAAF es referente en formación forense no sólo para África, sino también para profesionales que trabajan en Asia.
En 2019 año participaron profesionales de Libia, Nigeria, Mozambique, Sudán, Sudán del Sur, Sudáfrica, Yemen y Zimbabue, sumando la participación de un profesional del Cáucaso proveniente de la delegación de ICRC en Abjasia.
El EAAF cuenta una oficina permanente en Sudáfrica, en la ciudad de Pretoria, desde donde coordina tanto la escuela como otros proyectos que el Equipo lleva adelante en el continente.