El EAAF tiene una representación permanente en Pretoria. A solicitud de la Comisión para la Verdad y la Reconciliación (CVR), organismos de familiares y la National Prosecution Authority (NPA), desde el año 1995 el EAAF ha estado trabajando en este país en la investigación de casos de personas desaparecidas durante el Apartheid, como así también brindando capacitación a especialistas locales.
La Comisión para la Verdad y la Reconciliación recomendó al gobierno continuar tratando de rastrear lo que sucedió con las personas que desaparecieron entre 1960 y 1994, tarea que lleva adelante el Equipo de Trabajo de Personas Desaparecidas, dependiente de la Autoridad Fiscal Nacional (National Prosecuting Authority, NPA). Esta unidad realiza tanto investigación como trabajo forense de búsqueda y recuperación de restos humanos. A partir de 2005, el EAAF ha capacitado y brindado soporte al Equipo de Trabajo de Personas Desaparecidas
Entre el 2012 y el 2019 el EAAF organizó anualmente la “Escuela africana para la acción forense humanitaria”. En conjunto con la Universidad de Pretoria, y en cooperación con el Comité Internacional de la Cruz Roja (CICR) y el gobierno argentino a través de la Cancillería y la Embajada argentina en Sudáfrica, la escuela se convirtió en un espacio de formación y entrenamiento a los forenses del continente y, también, de Asia. Sus objetivos y contenidos fueron abordados desde la perspectiva jurídica y forense propia de países africanos, fuertemente enfocados en las investigaciones de casos de violaciones a los derechos humanos. A lo largo de los años han participado profesionales de 28 países: Abjasia, Benín, Botsuana, Burundi, Costa de Marfil, Eritrea, Gambia, Georgia, Ghana, Irak, Kenia, Libia, Malí, Marruecos, Mauricio, Mozambique, Nigeria, República Centroafricana, República Democrática del Congo, Ruanda, Senegal, Somalia, Sudáfrica, Sudán, Sudán del Sur, Tanzania, Uganda y Zimbabue.
