Desde 2010 el EAAF ha participado en actividades de capacitación a organizaciones académicas, organismos oficiales y ONG de derechos humanos. Desde el año 2011 participa, también, en tareas de investigación relativas al esclarecimiento de casos de violaciones a los derechos humanos presentados por la Comisión de la Verdad de Ecuador, especialmente aquellos que están ante alguna instancia internacional como por ejemplo el caso de los hermanos Restrepo detenidos, desaparecidos y supuestamente arrojados a la laguna de Yambo.
En 2013, el EAAF dictó el taller Aplicación de las ciencias forenses en la investigación de casos de violaciones a los derechos humanos. En 2014, fue convocado por el Comité Internacional de la Cruz Roja para brindar una ponencia sobre genética forense en desastres masivos y en 2015 por el Laboratorio de Criminalística y Ciencias Forenses para evaluar el estado de las investigaciones forenses y colaborar en una estrategia de identificación de restos óseos recuperados.
De 2017 a 2019 profesionales ecuatorianos del Servicio Nacional de Medicina Legal y Ciencias Forenses, la Fiscalía general del Estado (Comisión de la verdad y DDHH) y la Policía Nacional de Ecuador fueron seleccionados para participar de la Escuela Latinoamericana de Ciencias Forenses y Derechos Humanos. La formación ofrece entrenamiento teórico-práctico en disciplinas involucradas en investigaciones forenses.
En 2022 un profesional de Ecuador participó del Seminario de Investigación de Femicidios – “Estándares Internacionales de Investigación Forense con Perspectiva de Género”.
