A partir del año 2011 el EAAF realizó una serie de misiones en Libia para asesorar en la investigación forense de casos de violaciones de derechos humanos cometidos durante el gobierno de Muamar el Gadafi, comprendido entre 1969 hasta su muerte en 2011. A pedido del Consejo Nacional de Transición (CNT), el EAAF capacitó a personal local y propuso una estrategia de trabajo para la recuperación e identificación de víctimas.
