En 2005, luego de la muerte del presidente Gnassingbé Eyadéma, el país entró en una crisis institucional y un violento proceso político. Para investigar esas violencias, se creó la Mission d’Établissement des Faits. En 2005, a solicitud de la Oficina del Alto Comisionado de Naciones Unidas para los Derechos Humanos, el EAAF participó de una misión con el objeto de evaluar las denuncias de violaciones a los derechos humanos ocurridas en el país desde un punto de vista forense.
