En septiembre de 1996, cuando comenzó la guerra civil en la parte oriental de la República, miles de refugiados ruandeses hutu huyeron de la violencia, hacia el oeste a través de la selva, para llegar a las afueras de la ciudad de Mbandaka, capital de la provincia de Equateur, a finales de abril de 1997, justo cuando acababa la guerra civil. En respuesta, varias organizaciones locales, incluyendo la Iglesia católica, la protestante Iglesia, Cáritas, Cruz Roja, Médécins Sans Fronteras, apoyadas por el gobernador provincial, crearon un Comité de Recepción. El 13 de mayo, tropas de las alianzas de los ejércitos rebeldes (ADFL) asesinaron a miles de ellos.
Según varias fuentes, la mayoría de los refugiados asesinados en Mbandaka fueron arrojados al río Congo. Otros quedaron abandonados a la intemperie. La Cruz Roja local se hizo cargo de recogerlos y enterrarlos en fosas comunes. En 1997 el EAAF coordinó acciones forenses junto con el Centro de Derechos Humanos de Naciones Unidas y el Equipo Forense Internacional en la República Democrática de Congo, para investigar severas violaciones a los derechos humanos cometidas principalmente contra refugiados. La primera misión, como parte de la investigación del Equipo de Investigación del Secretario General de las Naciones Unidas sobre violaciones de derechos humanos, el trabajo consistió en exhumar una supuesta fosa común en la ciudad de Mbandaka. El Equipo reunió información acerca de la ubicación, hizo el trabajo de campo y dejó una serie de sugerencias para continuar el proceso.
En 2002 miembros de EAAF retornaron a Congo para una misión de evaluación. En las distintas intervenciones del EAAF se realizaron un total de 30 exhumaciones.
