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El EAAF fue convocado a trabajar en El Salvador en el año 1991 en investigaciones forenses relacionadas con la guerra civil de ese país (1980-1992), que dejó un saldo estimado de cerca de 80.000 muertos. Hasta el presente el trabajo del EAAF continúa de forma regular, colaborando con las investigaciones de distintas ONGs y organizaciones gubernamentales, como la Comisión Nacional de Búsqueda de Niñas y Niños Desaparecidos (CNB) y el Instituto de Medicina Legal. El Equipo presta asistencia tanto en investigación de casos del conflicto armado como en el fortalecimiento de los servicios forenses con entrenamiento en antropología y genética forense, y asesoramiento en construcción de bases de datos. Además, trabaja en la búsqueda de migrantes desaparecidos fuera de El Salvador.
Los primeros trabajos del EAAF en la exhumación y análisis de los restos de víctimas de la guerra civil se realizaron en 1992, en coordinación con la ONG de derechos humanos Tutela Legal, Oficina Legal del Arzobispo de San Salvador (ahora Tutela Legal “Dra. María Julia Hernández”) y la Misión de Observadores de Naciones Unidas para El Salvador (ONUSAL, 1991-1995).
El EAAF realizó un trabajo permanente, al coordinar numerosas investigaciones forenses de diversos hechos de violencia del conflicto, como las masacres El Barrio (18/4/1982), La Quesera (20-24/10/1981), El Calabozo (22/7/1982) y El Mozote (6-16/12/1981), entre otras (ver más información sobre éstos trabajos más abajo en esta sección).
La promulgación de la Ley de Amnistía General, en 1993, impidió la investigación y el enjuiciamiento de muchas de las graves violaciones a los derechos humanos ocurridas durante la guerra civil.
El EAAF retomó el trabajo en el año 2000 y articuló con otras ONGs, como el Comité por los Derechos Humanos “Madeleine Lagadec” y la Asociación Pro-Búsqueda (una organización civil dedicada a la búsqueda de niñas y niños desaparecidos o separados involuntariamente de sus familiares durante el conflicto armado). Desde entonces ha llevado adelante exhumaciones apelando a razones humanitarias para la identificación y restitución de restos de víctimas del conflicto a sus familias.
Se sumó a esta tarea, como respuesta por parte del Estado, la Comisión Nacional de Búsqueda de Niñas y Niños Desaparecidos durante el Conflicto Armado Interno (CNB). El EAAF trabajó desde el año 2013 hasta la actualidad en aquellos casos en donde las investigaciones de la CNB concluyen que los niños buscados murieron en el contexto del conflicto armado.
En el año 2016, con la derogación de la Ley de Amnistía, se reabrió la posibilidad de realizar investigaciones en el marco de procesos penales ante la justicia nacional. En este nuevo contexto, el EAAF retomó la investigación de la masacre de El Mozote con el rol de monitor de las exhumaciones ordenadas por la justicia de El Salvador, llevadas a cabo por personal del Instituto de Medicina Legal (IML).
Masacre de El Mozote
Según las investigaciones realizadas por distintas fuentes el Ejército salvadoreño asesinó aproximadamente a 1.000 civiles que vivían en el caserío de El Mozote y otros cinco caseríos aledaños, en el departamento de Morazán, convirtiéndose en una de las masacres más grandes de América Latina contemporánea. Los resultados del trabajo forense realizados por el EAAF en 1992 fueron incorporados en el Informe de la Comisión de la Verdad de El Salvador (1992-1993). Se recuperaron entonces por lo menos 143 restos, de los cuales 131 correspondían a niños menores de 12 años. El trabajo en el caso de El Mozote se retomó en el año 2000. La Corte Interamericana de Justicia, en su fallo en el año 2014, incorporó las conclusiones del trabajo forense del EAAF.
En el año 2019 la justicia nacional nuevamente solicitó al EAAF monitorear la exhumación llevada a cabo por el IML de 11 adultos y niños víctimas de una explosión de granada en el Cerro Ortiz, lugar donde se inicia la Masacre de El Mozote y en donde aún no se habían realizado exhumaciones. Los restos se transfirieron al laboratorio de IML y el análisis forense se llevará a cabo también bajo la supervisión de EAAF.
Masacre de El Calabozo
La masacre de El calabozo sucedió entre el 17 y el 25 de agosto de 1982 en el departamento de San Vicente y, según el informe de la Comisión de la Verdad de las Naciones Unidas sobre el conflicto armado,
“existen pruebas suficientes de que el 22 de agosto de 1982, efectivos del Batallón Atlacatl dieron muerte deliberadamente a más de doscientos civiles, hombres, mujeres y niños, que habían apresado sin resistencia”. Hasta el año 2018 no había sido posible documentar ningún sitio de entierro de víctimas de la masacre de El Calabozo. Entonces, miembros del EAAF viajaron a El Salvador por solicitud de las ONGs CDH y CRISTOSAL, que promueven la investigación penal de la masacre y la exhumación e identificación de restos de 6 víctimas inhumadas en una fosa común. Los restos fueron identificados y restituidos a sus familiares.
Además, El Salvador es uno de los países que forma parte del Proyecto Frontera, liderado por el EAAF. Se trata de una iniciativa que surge para abordar la crisis de migrantes desaparecidos a lo largo del corredor migratorio comprendido por los países de Centroamérica, México y EE.UU.
El Proyecto Frontera tiene por objetivo la creación de un Mecanismo Regional que mejore significativamente la búsqueda de migrantes no localizados o desaparecidos entre restos no identificados a través del intercambio regional de información forense y el mejoramiento y la adopción de buenas prácticas forenses.
Una de las herramientas principales del Proyecto incluye la conformación de Bancos de Datos Forenses de Migrantes Desaparecidos o No Localizados. En el caso de El Salvador, el Banco Forense inició sus tareas en agosto del año 2010 y está formado por el Ministerio de Relaciones Exteriores, el Comité de Familiares de Migrantes Fallecidos y Desaparecidos (COFAMIDE), la Procuraduría de Defensa de Derechos Humanos (PDDH) y el EAAF.
Desde hace más de 20 años el EAAF ha trabajado para fortalecer la capacidad forense del Instituto de Medicina Legal (IML) de la Corte Suprema de Justicia, donde se constituyó una Unidad de Antropología Forense. Entre 2017 y 2019 de El Salvador fueron seleccionados para participar de la Escuela Latinoamericana de Ciencias Forenses y Derechos Humanos del EAAF. La formación ofrece entrenamiento teórico-práctico en disciplinas involucradas en investigaciones forenses. El entrenamiento multidisciplinario de tres semanas tiene lugar en el Centro Internacional de Capacitación en Ciencias Forenses del EAAF en la Ciudad de Buenos Aires y cuenta con el apoyo del Fondo Argentino de Cooperación Sur-Sur y Triangular (FO.AR) del Ministerio de Relaciones Exteriores y Culto de la República Argentina.
Además, en 2017, miembros de laboratorio de genética forense del EAAF dictaron un curso especializado de una semana a profesionales del IML sobre métodos, protocolos y estadísticas en la identificación de personas desaparecidas. El curso incluyó clases prácticas sobre técnicas de extracción de ADN.