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El EAAF trabajó en Timor Oriental entre los años 2002 y 2011 investigando para la Unidad para Delitos Graves de las Naciones Unidas. En el año 2005, el Victorian Institute of Forensic Medicine (VIFM) de Australia, inició un proyecto para investigar la masacre de Santa Cruz, cometida por fuerzas indonesias en 1991, e invitó al EAAF a formar parte de la iniciativa, conformando el International Forensic Team (Equipo Forense Internacional o IFT). Al mismo tiempo, se comenzó a capacitar a la Policía Nacional de Timor Leste (PNTL), así como a fiscales y miembros del servicio forense del Hospital central de Dili. Desde entonces, el IFT continúa trabajando en la isla en diferentes casos, realizando exhumaciones e identificaciones de cuerpos y capacitando a especialistas locales.