A solicitud de organizaciones no gubernamentales y autoridades de Indonesia, desde 1999 el EAAF ha realizado diversas misiones para brindar capacitación en el área de búsqueda e identificación de restos humanos.
En 2003, el EAAF realizó una misión a Indonesia, con el objetivo de realizar un taller para especialistas forenses y ONG locales. También asesoró a la ONG Contrahaz para la realización de un libro de difusión sobre los usos de la antropología forense en la documentación científica de violaciones a los derechos humanos.
