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A solicitud de la Comisión Presidencial de Bolivia a cargo de la búsqueda de los restos de Guevara, entre los años 1995 y 1997 el EAAF viajó a dicho país para la búsqueda, el hallazgo y la identificación de los restos de Ernesto Che Guevara.
A solicitud del Consejo Interinstitucional para el esclarecimiento de Desapariciones Forzadas (CIEDEF), desde el año 2006 el EAAF ha realizado misiones para trabajar en la identificación de restos óseos de militantes desaparecidos a principios de la década del 70 (casos Mausoleo (ASOFAMD), guerrilla de Teoponte, Pando) como así también desarrollar una base de datos y capacitar en Ciencias Forenses a miembros del IDIF.
Capacitaciones
Por otro lado, profesionales bolivianos del Instituto de Investigaciones Forenses (IDIF) fueron seleccionados y participaron tres años consecutivos (2017-2019) de la Escuela Latinoamericana de Ciencias Forenses y Derechos Humanos. La formación ofrece entrenamiento teórico-práctico en disciplinas involucradas en investigaciones forenses. El entrenamiento multidisciplinario de tres semanas tiene lugar en el Centro Internacional de Capacitación en Ciencias Forenses del EAAF en la Ciudad de Buenos Aires y cuenta con el apoyo del Fondo Argentino de Cooperación Sur-Sur y Triangular (FO.AR) del Ministerio de Relaciones Exteriores y Culto de la República Argentina.