En 1954, el General Alfredo Stroessner, apoyado por el Partido Colorado y las Fuerzas Armadas, derrocó al entonces presidente Federico Chávez, y elegido presidente ese mismo año gobernó durante 35 años. Durante su extenso mandato, se cometieron violaciones de los derechos humanos que incluyeron secuestros, tortura y asesinatos de quienes eran contrarios a sus ideas.
En 1989, Stroessner fue derrocado y buscó asilo político en Brasil. Gradualmente, se estableció el orden democrático. En diciembre de 1992 en un edificio de la Policía Inteligente de Asunción se encontraron documentos que fueron denominados los “Archivos del Terror” y que documentaban varios casos de violencia institucional. Un año después, la Corte Suprema de Paraguay abrió un Centro para la Documentación y Archivos de Defensa de los Derechos Humanos e hizo pública la información. En junio de 2004, el entonces presidente Nicanor Duarte Frutos estableció la Comisión para la Verdad y la Justicia de Paraguay para investigar las violaciones a los derechos humanos entre los años del stroessnerismo.
Desde el año 2005 el EAAF colaboró con las autoridades paraguayas y los familiares de alrededor de 400 personas desaparecidas en Paraguay. Se llevaron a cabo un total de ocho misiones.
En el año 2009 se recuperaron los primeros restos óseos de la Agrupación Especializada de la Policía Nacional, lugar en el que funcionó un centro clandestino de detención durante la dictadura de Stroessner.
En 2014 se firmó un convenio con el Ministerio de Justicia y Trabajo, Presidencia de la República del Paraguay, a partir del cual el EAAF planteó cuatro líneas de cooperación en el marco del proyecto de “Identificación de restos de víctimas de desaparición forzada en Paraguay”:
-Creación de una base poblacional de frecuencias de marcadores genéticos de interés forense paraguaya.
-Creación de un banco de muestras de sangre familiares de desaparecidos por razones políticas y formación de una base de datos de perfiles genéticos.
-Obtención de perfil genético de muestras de esqueletos recuperados y análisis antropológico de los mismos.
-Capacitación forense de fuerzas de seguridad, fiscales y especialistas forenses.
A partir del año 2015 se realizaron varios viajes a Paraguay para cumplir con dichas tareas, con un total de 34 cuerpos recuperados procedentes de 7 sitios. Los mismos fueron analizados por integrantes del EAAF en Asunción y tomaron muestras óseas de referencia que representan al total de los esqueletos exhumados.
El banco genético del EAAF cuenta con más de 220 muestras de sangre de familiares. La gran mayoría han sido tomadas por la Dirección de Memoria Histórica y Reparación (DMHR) en Paraguay, pero también desde Argentina se contactan y entrevistan a los familiares de desaparecidos paraguayos que viven en nuestro país.
Todas las muestras fueron procesadas por el Laboratorio de Genética Forense del EAAF de Córdoba y se han logrado un total de 4 identificaciones: Rafaela Giuliana Filipazzi, Miguel Ángel Soler, José Agustín Potenza, Cástulo Vera Báez.
En 2017 y 2019 profesionales paraguayos fueron seleccionados para participar de la Escuela Latinoamericana de Ciencias Forenses y Derechos Humanos. La formación ofrece entrenamiento teórico-práctico en disciplinas involucradas en investigaciones forenses.
