Ferdinand Marcos asumió el poder en Filipinas en 1965 y, a principios de la década del setenta, ordenó a las fuerzas de seguridad del estado que secuestraran e hicieran desaparecer a miembros de grupos políticos opositores, sindicatos y organizaciones religiosas, así como también a muchos otros que eran vistos como una “amenaza” para su régimen de gobierno dictatorial. La desaparición fue una técnica que los siguientes gobiernos en el país, incluso aquellos elegidos democráticamente, sostuvieron a lo largo del tiempo como estrategia para eliminar opositores activos y desalentar las protestas populares.
En 1986, EAAF formó parte de la delegación forense internacional organizada por la
American Association for the Advancement of Science (Asociación Estadounidense para el Avance de la Ciencia) para colaborar con la Comisión de la Verdad formada por el gobierno de Corazón Aquino. Sin embargo la Comisión vio dificultado su trabajo cuando las condiciones políticas cambiaron y la violencia interna recrudeció.
La ONG de derechos humanos local Families of Victims of Involuntary Disappearance (FIND) documentó 1.661 casos de desapariciones de los cuales aproximadamente 1.000 de estos casos ocurrieron durante el gobierno de Aquino (1986-92), y 600 durante la dictadura de Marcos (1965- 86).
En mayo de 2000, miembros del EAAF viajaron a Filipinas para brindar asistencia técnica en investigaciones y asesoramiento forense para los equipos de investigación locales. Además, en 2024 el EAAF recibió en Buenos Aires a una delegación de funcionarios de Filipinas y les brindó un taller sobre investigación forense.
