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Desde 1991 el EAAF asesora a organismos de derechos humanos, comisiones investigadoras y a la justicia local, en la investigación sobre el destino de personas desaparecidas durante la última dictadura militar en el país entre los años 1964 y 1985 (casos Araguaia, Perus).
En 2017 y 2018 integrantes de la Policía Federal de Brasil fueron seleccionados para participar de la Escuela Latinoamericana de Ciencias Forenses y Derechos Humanos. La formación ofrece entrenamiento teórico-práctico en disciplinas involucradas en investigaciones forenses. El entrenamiento multidisciplinario de tres semanas tiene lugar en el Centro Internacional de Capacitación en Ciencias Forenses del EAAF en la Ciudad de Buenos Aires y cuenta con el apoyo del Fondo Argentino de Cooperación Sur-Sur y Triangular (FO.AR) del Ministerio de Relaciones Exteriores y Culto de la República Argentina.