A partir del asesinato en un atendado del presidente Juvenal Habyarimana el 6 de abril 1994 se produjo una de las masacres más cruentas de África. Los miembros de la comunidad hutu, atacaron a los de la comunidad Tutsi, minoría. Se estima que murieron más de 800.000 personas.
En 2014 se conformó la Comisión de la Verdad y la Reconciliación en Burundi para investigar esos casos y logró mapear hasta el momento más de 4.000 fosas comunes y localizar a más de 142.000 víctimas de la violencia. El EAAF realizó varias misiones a Burundí con el objetivo de brindar asesoramiento en la búsqueda de personas desaparecidas, así como en aspectos relacionados con la recuperación de cuerpos enterrados en fosas comunes.
