En 1946 se organizó un movimiento de rechazo al dominio británico. Los Mau Mau nacieron como fuerza de combate contra el colonialismo en Kenia. En 1956, fueron derrotados. El saldo fueron unos 13.000 muertos y miles de personas detenidas. En 1964, luego de su independencia, Kenia se convirtió en república, pero los conflictos políticos continuaron y hubo varios períodos de violencia.
A solicitud del Instituto Médico local, ONG locales y el Comité Internacional de la Cruz Roja, el EAAF ha dictado en Kenia varios cursos de capacitación sobre el uso de las evidencias forenses en la investigación de violaciones a los derechos humanos. Cuando se formó la comisión de Verdad, Justicia y Reconciliación de Kenia, en 2008, el EAAF fue convocado a presentar su perspectiva para el trabajo.
