Búsqueda e identificación de víctimas de la guerra
El EAAF trabaja en El Salvador desde el año 1986, cuando fue convocado para la exhumación de víctimas de la guerra interna de ese país. A partir de 1992 comenzó un trabajo permanente.
A solicitud de organizaciones como Tutela Legal, Probusqueda, ONUSAL, la Comisión Nacional para la búsqueda de niñas y niños desaparecidos durante el conflicto armado salvadoreño, desde el año 1992 miembros del EAAF realizan misiones a El Salvador para la investigación forense de casos de masacres como la del Mozote, el Barrío, la Quesera.
Estos casos involucran ejecuciones extrajudiciales de civiles a manos de las fuerzas armadas. Asimismo, el EAAF brinda asesoramiento y capacitación técnica en el ámbito del Instituto de Medicina Legal de la Corte Suprema de Justicia, donde se constituyó una Unidad de Antropología Forense.
Además, El Salvador es uno de los países que forma parte del Proyecto Frontera, liderado por el EAAF. Se trata de un mecanismo regional de recolección, análisis y cotejo de datos forenses para la identificación de migrantes fallecidos en el corredor Centroamérica-México-Estados Unidos.
El Proyecto Frontera cruza la información genética de familiares de migrantes desaparecidos con el ADN de cuerpos NN presuntamente pertenecientes a migrantes recuperados en el corredor.
En el caso de El Salvador, el Banco Forense inició sus tareas en agosto del año 2010 y está formado por el Ministerio de Relaciones Exteriores, el Comité de Familiares de Migrantes Fallecidos y Desparecidos (COFAMIDE), la Procuraduría de Defensa de Derechos Humanos (PDDH) y el EAAF.