A partir de 1989 el EAAF ha asesorado a organismos de derechos humanos, comisiones investigadoras y a la justicia local, en la investigación sobre el destino de personas desaparecidas durante la última dictadura militar 1973-1989 de ese país.
Durante el gobierno de facto de Augusto Pinochet, unas 3.000 personas fueron desaparecidas o ejecutadas sumariamente y enterradas por las fuerzas armadas y la policía secreta en lugares no revelados. En los años posteriores, con la vuelta de la democracia, fueron recuperados varios cuerpos que podrían pertenecer a estas víctimas. Pero las técnicas forenses tradicionales no permitían precisión en la identificación por la falta de datos pre mortem. Por ello, a comienzos de 1998, la Unidad de Identificación del Instituto de Medicina Legal en Santiago de Chile solicitó la asistencia de EAAF como asesores de un proyecto de creación de un banco de muestras de sangre de familiares de ciudadanos chilenos desaparecidos, a partir de protocolos y formularios creados en Argentina como modelos.
Patio 29
A partir de los días inmediatamente posteriores al golpe de estado chileno el 11 de septiembre de 1973, el Patio 29 del Cementerio General de la ciudad de Santiago se empleó como un lugar de acopio de cadáveres e inhumación clandestina de restos de víctimas de la represión política de ese tiempo.
Basados en la documentación reunida por la Vicaría de la Solidaridad, el organismo de la Iglesia Católica que en Chile asistió a las víctimas de la dictadura,la Justicia ordenó la exhumación de más de 100 sepulturas. En abril de 2006, la entonces presidenta Michelle Bachelet estableció la Asesoría Presidencial Comisión de Derechos Humanos, que se dedicó a la revisión minuciosa de estas identificaciones. EAAF formó parte de un panel de expertos establecido por la Comisión para hacer recomendaciones sobre posibles problemas relacionados con la identificación de restos de personas desaparecidas exhumadas en el Lote 29 del Cementerio General de Santiago en 1991 y 1997.
Salvador Allende
Hasta el año 2011 no existía una versión firme sobre la causa definitiva de muerte de Salvador Allende, aunque la versión definitiva apuntó siempre a un suicidio en la Casa de la Moneda el 18 de septiembre de 1973, luego de que Augusto Pinochet encabezara el golpe de estado que lo sacó del poder. En 2008, un informe que indicaba dos impactos de bala sobre el cuerpo de político aportaron dudas sobre cómo había sido el final. En mayo de 2011, el EAAF participó de un equipo internacional que trabajó en el proceso de exhumación del cuerpo y el examen definitivo arrojó que había sido un sólo impacto de bala. Eso coincidía con lo que habían afirmado los médicos personales de Allende a testificar que se trató de un suicidio.
Pablo Neruda
El Equipo también participó de otra investigación en 2013 para establecer la causa de muerte del poeta Pablo Neruda, ante las sospechas de envenenamiento. Se conformó una comisión internacional, aunque el dictamen no pudo determinar el envenenamiento. En 2023 se realizó una nueva investigación, de la que no participó el EAAF, que halló la bacteria Clostridium botulinum y se volvió a considerar que fue envenenado.
Una representante de la Fiscalía Nacional Unidad de DDHH y un forense del Servicio Médico Legal participaron en 2022 del El Seminario de Investigación de Femicidios – “Estándares Internacionales de Investigación Forense con Perspectiva de Género” realizado por EAAF.
