Desde la década del ochenta, y durante más de 20 años, en Perú se cometieron numerosas violaciones a los derechos humanos, incluyendo asesinatos y desapariciones.
Desde 1980, sin embargo, las violencias en Perú difirieron en comparación con los otros patrones de violencia de la región ya que además de los agentes del estado grupos armados, en particular Sendero Luminoso, también fueron responsables de ejecuciones, secuestros, desapariciones y asesinatos de civiles. Dos instituciones, la Defensoría del Pueblo y la Comisión de Derechos Humanos (COMISEDH) trabajan en la acumulación, organización y depuración de información sobre los desaparecidos en el Perú. Ambos coinciden en que existen alrededor de 5.000 personas que permanecen en condición de desaparecidos.
En 2001 se creó el Equipo Peruano de Antropología Forense (EPAF) para realizar un trabajo de investigación forense referido a violaciones de Derechos Humanos.
En 2002, a solicitud del EPAF, el EAAF formó parte de una delegación forense internacional con el propósito de brindar apoyo en la investigación de violaciones a los derechos humanos. El EAAF realizó un asesoramiento para la estandarización del protocolo de investigación, búsqueda, recuperación, análisis e identificación.
El EAAF colaboró en otras dos misiones, a solicitud de Open Society Institute, el Alto Comisionado de Derechos Humanos de Naciones Unidas y la Comisión de la Verdad y la Reconciliación de Perú para investigar las masacres cometidas por efectivos de la base militar de Totos y para brindar asistencia científica en la exhumación de 64 víctimas en Lucanamarca y el análisis de laboratorio de los restos recuperados.
A partir de la sanción en 2016 de la “Ley de búsqueda de personas desaparecidas” durante el conflicto armado, el EAAF apoyó a las autoridades peruanas, bajo la coordinación del Comité Internacional de la Cruz Roja, en la mejora del Banco Nacional de Datos Genéticos y el aumento de la capacidad local para el análisis de casos complejos (situaciones en las que los restos están mal identificados, mezclados y/o fragmentados) con diferentes cursos dictados en Perú para el Instituto Médico Legal y la Dirección General de Búsqueda de Personas Desaparecidas (DGBPD), oficina del Ministerio de Justicia a cargo de las investigaciones. Además, en 2018, el EAAF colaboró con el Instituto de Medicina Legal en la capacitación y desarrollo del laboratorio de Genética Forense y en la implementación de la Ley N° 30470 de búsqueda de personas desaparecidas durante el período de violencia 1980 – 2000.
Profesionales del Ministerio Público de la Fiscalía de la Nación de Perú fueron seleccionados para participar en 2018 y 2019 de la Escuela Latinoamericana de Ciencias Forenses y Derechos Humanos es una formación que ofrece entrenamiento teórico-práctico en disciplinas involucradas en investigaciones forenses.
