Desde el año 2013, el EAAF ha viajado al Líbano invitado por el Comité Internacional de la Cruz Roja (CICR), Centro Internacional para la Justicia Transicional (International Center for Transitional Justice – ICTJ) , Action for the Disappeared, entre otras organizaciones, para brindar capacitación a diferentes sectores de la sociedad libanesa en la búsqueda de las personas desaparecidas en dicho país durante la guerra civil (1975-1990).
En noviembre de 2015, el EAAF organizó y llevó a cabo la 1ª Escuela de Ciencias Forenses para Oriente Medio y Norte de Africa, en convenio con la Facultad de Ciencias de la Salud (FHS) de la American University of Science and Technology de Beirut, con apoyo de los departamentos de anatomía clínica y medicina forense. La escuela convocó a diversos participantes del campo forense de la región, en un entrenamiento enfocado en distintos temas de arqueología y antropología forense, como la colección de información antemortem, la prospección y excavación de fosas comunes, la recuperación de restos humanos, el examen forense de restos humanos esqueletizados, genética forense, proceso de identificación, informe forense integrado y notificación a familiares.
Al mismo tiempo, el EAAF participó en varios estudios y debates que confluyeron, en 2018, con la sanción de la ley que el parlamento aprobó sobre las personas desaparecidas o víctimas de desaparición forzada que debería permitir la formación de una comisión nacional con el mandato de investigar casos individuales de desapariciones, localizar y exhumar fosas comunes y habilitar un proceso de búsqueda.
En noviembre de 2025 el EAAF realizó una misión en Beirut, a solicitud del CICR, que se enfocó en reforzar el sistema médico legal en el país, que se halla en situación crítica. Consistió en asesoría técnica y estratégica, facilitando el diálogo entre los principales actores estatales a nivel nacional, entre ellos el Ministerio de Justicia, el Ministerio de Cultura (Directorado General de Antigüedades), el Ministerio del Interior y Municipalidades (Fuerzas de Seguridad Internas, Departamento de Policía Científica, Laboratorio de Genética Forense, Unidad de Escena del Crimen), Fuerzas Armadas Libanesas (Unidad Forense bajo el Departamento de Policía Militar), Comisión Nacional para los Desaparecidos Forzados en Líbano y la Sociedad Islámica de Salud (IHS).
