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El EAAF trabaja en Colombia desde 1994 a pedido de instituciones estatales, ONG locales, Naciones Unidas y el Comité Internacional de la Cruz Roja (CICR). La actividad actual del Equipo responde a la necesidad de capacitación técnica avanzada para la formación de equipos forenses colombianos que puedan solventar las necesidades surgidas de la situación emergente post conflicto.
A través de dos programas diferentes, el EAAF colabora con el Instituto Nacional de Medicina Legal y Ciencias Forenses de Colombia (INMLCF) y la Comisión Internacional de Juristas (CIJ) en la realización de capacitaciones a los equipos forenses locales, jueces y fiscales para afianzar su respuesta frente a casos complejos y establecer prácticas de mejor desempeño.
El rol del EAAF incluye la elaboración de cursos técnicos especializados y el asesoramiento in-situ para investigaciones con características complejas como restos mezclados o ADN degradado.
En 2019, el trabajo del EAAF se centró en brindar apoyo a los mecanismos establecidos bajo el Acuerdo de Paz entre el gobierno y las FARC, en relación a la búsqueda e identificación de las víctimas de los años de violencia. Después de haber trabajado 26 años en el país, el EAAF ha desarrollado fuertes lazos con las instituciones oficiales involucradas, particularmente con el INMLCF, así como organizaciones de la sociedad civil como la ONG DH Colombia y la Asociación de Familiares de Detenidos Desaparecidos. El Acuerdo de Paz incluyó dentro de la Jurisdicción Especial para la Paz (JEP) una Comisión de la Verdad, una Unidad de Búsqueda y un Tribunal Especial para procesar a los responsables de crímenes de guerra y crímenes contra la humanidad.
Si bien el sistema forense colombiano es el más desarrollado en América Latina, y uno de los mejores en el mundo, la cantidad y la complejidad de los casos (unos 7566 cuerpos fueron exhumados entre 2006 y 2019) requieren un proceso continuo de capacitación para los nuevos profesionales del personal y para aquellos que trabajan lejos de los centros urbanos.
En los últmos años el EEAF ha trabajado en dos líneas en Colombia. En 2019 el EAAF realizó siete capacitaciones para expertos del INMLCF y la Fiscalía General de la Nación (FGN) que se incorporaron a las áreas relacionadas con la identificación de las víctimas del conflicto. Las capacitaciones contaron con el apoyo del FO.AR., un programa de colaboración Sur-Sur de la Cancillería del Gobierno Argentino.
Además, se continuo profundizando la relación con la Unidad de Búsqueda de Colombia con las tareas de asesoría, para lo cual integrantes del EAAF viajaron en tres oportunidades durante el 2019 para sostener reuniones con la Directora General de la Unidad, Luz Marina Monzón. En colaboración con la Comisión Internacional de Juristas (IJC), se comenzó un proceso de tres años que llevará a cabo cuatro capacitaciones intensivas (una fue en 2019) sobre prácticas forenses avanzadas dirigidas a jueces y fiscales en Colombia, así como, una capacitación regional que incluirá otros actores de Guatemala y Perú
A través del proyecto de la IJC, el EAAF desarrollará, también, una Guía sobre la Investigación, Recuperación y Análisis de Restos Humanos basada en los Protocolos de Minnesota, internacionalmente reconocido.