El EAAF trabajó por primera vez en Zimbabwe entre los años 1999 y 2001 a pedido de Amani Trust, una ONG local que investigó a los desaparecidos en Matabeleland en los años 80, en el contexto de la campaña de exterminio lanzada por Robert Mugabe contra la población local. Miembros del EAAF participaron de varias misiones para capacitar en técnicas de antropología forense a personal local y para realizar exhumaciones y análisis de restos óseos de víctimas de conflictos políticos sucedidos entre los años 1970 y 1987.
En el marco de la Comisión Nacional de Paz y Reconciliación (NPRC) el EAAF regresó en 2018 para realizar una capacitación a la ONG Ukuthula Trust (continuadora de Amani Trust) en arqueología forense para la exhumación de fosas comunes. Miembros de la organización fueron entrenados por el EAAF en Zimbabwe, Sudáfrica y Argentina.
El EAAF también colaboró en el desarrollo de una Base de Datos Poblacional (genética) de la población de Zimbabwe con vistas a permitir la identificación por ADN de las personas desaparecidas.
