La llamada “década negra” argelina se desarrolló entre 1991 y 2002 con enfrentamientos entre las fuerzas de seguridad y ciertos grupos islamistas armados. Durante ese periodo, se calcula que la violencia política produjo 200.000 muertos y 20.000 desaparecidos en Argelia. Fueron secuestrados de su domicilio, el trabajo o la vía pública en las ciudades principales: Algeria, Constantine y Oran. Actuaban la policía, los servicios de seguridad y la gendarmería. Desde 1998 la prensa argelina denunció una docena de fosas comunes.
Entre los años 2011 y 2016 el EAAF realizó tareas de apoyo al trabajo de investigación en materia de violaciones a los derechos humanos llevadas a cabo por la Federación Euro Mediterránea contra la Desaparición Forzada (FEMED) en Argelia. Las actividades incluyeron tareas de capacitación a miembros de la federación de distintos países en Argel y la capacitación de profesionales en materia forense, tanto en Argentina como en Argelia.
