A solicitud del Centro Internacional para la Justicia Transicional (ICT) el EAAF realizó una misión a Marruecos en 2006 para llevar a cabo una evaluación técnica del trabajo forense de la Comisión de Igualdad y Reconciliación en la investigación sobre desapariciones y muertes ocurridas entre los años 1956 y 1999, en su mayor parte durante el reinado de Hasan II. Se estima que unos 9.000 marroquíes ilegalmente detenidos, habían sido torturados, exiliados o desaparecidos por las fuerzas del estado.
En su trabajo de asesoría, el EAAF orientó entrevistas a familiares de las víctimas y organizaciones locales de Derechos Humanos. También sugirió una serie de cambios en procesos y técnicas de investigación forense para elevar los estándares locales.
En 2016 el EAAF regresó a Marruecos, a pedido de la Federación Euro Mediterránea contra la Desaparición Forzada (FEMED), para realizar una capacitación sobre arqueología y recolección de datos antemortem para la búsqueda de personas detenidas desaparecidas. Entre los participantes había activistas de derechos humanos, familiares, médicos y abogados.
