A solicitud de la Oficina Especial del Procurador de Etiopía, entre 1994 y 1997 el EAAF realizó misiones para brindar asistencia técnica en la investigación de masacres cometidas por el gobierno de Mengistu Haile Mariam. Entre 1974 y 198, Mariam lideró la junta militar que tomó el poder en ese país luego del derrocamiento de Haile Selassie. Luego presidió la República Democrática Popular de Etiopía desde 1987 a 1991, hasta ser derrocado.
En las primeras misiones a Etiopía, el EAAF colaboró en trabajos de exhumación en fosas comunes en Kotebe y Hawtin. A partir de 1996, trabajó en las localidades de Butajira y Alaba Kulito, en el sur de Etiopía. En 2002, el Dr. Clyde Snow junto a dos miembros del EAAF retornaron a Etiopía para declarar en el Caso Kotebe (en donde 30 hombres desaparecieron después de ser detenidos). Este juicio fue el primero en que se mostró evidencia física de antropólogos forenses en un tribunal local.
