A partir del año 2000, cuando asumió la presidencia Jorge Batlle, Uruguay profundizó sus investigaciones de crímenes de lesa humanidad cometidos durante los años de dictadura (1973-1985) que incluyen a casi 200 personas desaparecidas. El EAAF trabaja junto a Madres y Familiares de Uruguayos Detenidos Desaparecidos y, desde 2001, asesoró a los diferentes mecanismos oficiales: la Comisión para la Paz, la Secretaría de Seguimiento, la Secretaría de Derechos Humanos para el Pasado Reciente. Además trabaja junto a la Fiscalía de Lesa Humanidad de Uruguay y al Grupo de Investigación en Antropología Forense, creado en 2005. Como efecto de la ley 19822 de 2019, el Instituto Nacional de Derechos Humanos de (INDDHH) y Defensoría del Pueblo son ahora en los responsables de la búsqueda de personas desaparecidas con los que articula el Equipo.
Plan Cóndor
Debido a que la mecánica represiva en las décadas del 60, 70 y parte del 80 en América Latina incluyó traslados entre países de la región de personas desaparecidas como parte del llamado Plan Cóndor, el EAAF cuenta con una base forense de familiares de personas desaparecidas por el terrorismo de Estado en el cono sur (Uruguay y Argentina, Paraguay). En esa base, el EAAF tiene en resguardo unas 350 muestras de familiares de uruguayos desaparecidos, que representan a más de 190 personas desaparecidas en Uruguay. Las muestras de restos óseos provenientes de Uruguay se cruzan con esa información para conseguir identificaciones. Esto posibilitó las identificaciones de Ubagesner Chaves Sosa, Fernando Miranda, Julio Castro Pérez, Ricardo Blanco Valiente, Eduardo Bleier, Amelia Sanjurjo Casal y Luis Eduardo Arigón Castel.
Pando
El 28 de mayo de 1976 Ubagesner Cháves Sosa fue detenido por personal de la Fuerza Aérea y recluido en la Base Aérea “Capitán Boiso Lanza”. Sus restos fueron hallados en 2005 en una chacra cercana a la ciudad de Pando que estaba bajo jurisdicción de la Fuerza Aérea. El EAAF colaboró con la recuperación para su traslado al Instituto Técnico Forense. Los estudios de ADN realizados por la Dirección Nacional de Policía Técnica y por el laboratorio del EAAF fueron coincidentes en afirmar que el cuerpo exhumado pertenecía a Cháves Sosa.
En 2017 integrantes del Grupo de trabajo por la Verdad y Justicia, de la Secretaría de DDHH por el Pasado Reciente y del GIAF fueron seleccionados para participar de la Escuela Latinoamericana de Ciencias Forenses y Derechos Humanos, una formación teórica-práctica en disciplinas forenses.
En 2022, un fiscal de Uruguay asistió al seminario de Investigación de Femicidios – “Estándares Internacionales de Investigación Forense con Perspectiva de Género” realizado por el EAAF.
