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El EAAF colabora en las búsquedas de desaparecidos de Uruguay y realiza los cotejos genéticos de los cuerpos hallados en su Laboratorio de Genética Forense.
Desde 2001 el EAAF asesora a los diferentes mecanismos oficiales creados (Comisión para la Paz, la Secretaría de Seguimiento, la Secretaría de Derechos Humanos para el Pasado Reciente) por el gobierno uruguayo para investigar el paradero de los desaparecidos durante la última dictadura (1973 -1985).
Durante ese período, EAAF ha realizado los análisis genéticos a los cuerpos enterrados clandestinamente y recuperados en distintos cuarteles y predios militares uruguayos.
Además, el EAAF colaboró en diferentes aspectos de las investigaciones y en la búsqueda de los desaparecidos a pedido de la Justicia, el Gobierno, organismos de DD.HH. y las familias de Uruguay.
Desde el 2005, el EAAF asesora al Grupo de Investigación en Arqueología Forense del Uruguay (GIAF), que está a cargo de la búsqueda y exhumación de los cuerpos enterrados en Uruguay.
El EAAF mantiene a resguardo muestras de referencia del ADN de los familiares de desaparecidos uruguayos para el cotejo genético y la identificación de cuerpos que puedan aparecer.En 2019 un cuerpo hallado en el batallón fue identificado por el laboratorio de genética forense del EAAF. Además, el EAAF colaboró en 2019 en la búsqueda de enterramientos clandestinos en un predio militar con su georadar.
Capacitaciones
Por otro lado, en 2017 integrantes del Grupo de trabajo por la Verdad y Justicia, Secretaría de DDHH por el Pasado Reciente fueron seleccionados para participar de la Escuela Latinoamericana de Ciencias Forenses y Derechos Humanos. La formación ofrece entrenamiento teórico-práctico en disciplinas involucradas en investigaciones forenses. El entrenamiento multidisciplinario de tres semanas tiene lugar en el Centro Internacional de Capacitación en Ciencias Forenses del EAAF en la Ciudad de Buenos Aires y cuenta con el apoyo del Fondo Argentino de Cooperación Sur-Sur y Triangular (FO.AR) del Ministerio de Relaciones Exteriores y Culto de la República Argentina.