En 1999, luego de un referéndum de autodeterminación patrocinado por la ONU, Timor Leste (también conocido como Timor Oriental) se convirtió en estado soberano y se independizó de Indonesia. Durante el período entre el anuncio de los resultados y su formal aceptación por el parlamento indonesio se produjeron asesinatos y desapariciones en varias partes del país, especialmente en Liquica, Suai y Maliana.
El EAAF trabajó en Timor Leste entre los años 2002 y 2011 investigando para la Unidad para Delitos Graves de las Naciones Unidas esos crímenes. En el año 2005, el Victorian Institute of Forensic Medicine (VIFM) de Australia inició un proyecto para investigar la masacre de Santa Cruz, cometida por fuerzas indonesias en 1991, e invitó al EAAF a formar parte de la iniciativa, conformando el Equipo Forense Internacional (International Forensic Team – IFT). Al mismo tiempo, se comenzó a capacitar a la Policía Nacional de Timor Leste (PNTL), así como a fiscales y miembros del servicio forense del Hospital Central de Dili. Desde entonces, el IFT continúa trabajando en la isla en diferentes casos, realizando exhumaciones e identificaciones, así como capacitando a especialistas locales.
