En 1993, dos integrantes del EAAF formaron parte de un equipo forense internacional que participó en excavaciones en los territorios de Croacia. Esta tarea se realizó bajo el mandato del Grupo de Expertos de las Naciones Unidas para el caso.
A partir de 1996, y hasta el año 2000, varios miembros del EAAF se sumaron a las tareas de investigación forenses ordenadas por el Tribunal Penal Internacional para la ex Yugoslavia (Criminal Tribunal for the former Yugoslavia – TPIY), en territorios de Bosnia y luego en Kosovo. En el caso de Bosnia, se trabajó en fosas comunes relacionadas con el caso Srebrenica; en el caso de Kosovo, en diversas regiones.
Los integrantes del EAAF formaron parte de los grupos que realizaron tareas de recuperación de cuerpos y de análisis en la morgue especialmente creada. Como consecuencia de estos trabajos, miles de cuerpos fueron recuperados y analizados.
