Entre los años 1982 y 1990, durante el gobierno de Hissene Habré, se denunciaron alrededor de alrededor de 40.000 asesinatos y más de 200.000 casos de tortura y violencia entre otras violaciones de derchos humanos en Chad.
Las Cámaras Extraordinarias Africanas, tribunal especial creado por la Unión Africana que funcionó en Senegal, solicitó la colaboración del EAAF. En el año 2013 el EAAF realizó una misión preliminar y en 2014, durante una nueva misión se exhumaron 39 cuerpos y se identificaron 5 en Chad. Estas misiones contaron con el apoyo de Human Rights Watch y un equipo de especialistas forenses que incluía profesionales de Argentina, Colombia, Canadá, España, Gran Bretaña, Sudáfrica y Francia que trabajaron en varias fosas comunes y en el análisis de los restos recuperados.
En mayo de 2016, Habré fue condenado a prisión perpetua y a la confiscación de sus bienes por crímenes cometidos durante la dictadura que comandó. Parte de la sentencia se basó en la evidencia forense producida y presentada por el EAAF. Esta sentencia es un hito en los procesos de verdad y justicia, por tratarse de una de las primeras que un tribunal íntegramente africano dicta contra un ex presidente de facto del continente.
